você tá exagerando. dependendo da natureza do crime essa certeza absoluta é completamente alcançada. o próprio crime de peculato não raramente deixa provas documentais e incontestáveis de sua ocorrência (olha o caso do juiz lalau).
o que não se pode é manipular ou moldar o sistema para facilitar a condenação de agentes pela prática de crimes que, por sua própria natureza, são de difícil prova (exemplo da corrupção ativa e passiva). essa é uma limitação do sistema e as limitações do sistema não podem servir como argumento para transgredi-lo. pelo menos não em um país civilizado.