Na verdade, minha crítica é mais à doutrina clássica, de Montesquieu. Não vejo, por exemplo, distinção significativa entre o Judiciário e o Executivo. A grande distinção, IMO, é entre quem legisla e quem dá cumprimento a lei.
O que é importante em um Estado Democrático de Direito é que existam sistemas de freios e contrapesos que evitem a concentração de poderes demasiados nas mãos de qualquer autoridade estatal, bem como o abuso de poder por parte destas autoridades. E não que os três poderes não interfiram nos demais.
As pessoas tomam como dogma uma teoria que foi criada simplesmente para descrever o que aconteceu em determinada época. Eu já acho que é importante entender os motivos pelos quais aquilo aconteceu, e tentar preservar o que há de essencial. Montesquieu baseou sua teoria nas observações de Locke sobre o que havia ocorrido na Inglaterra. Eu acho que o importante é entender o que ocorreu na Inglaterra, a importância da imposição de limitações ao poder de tributar do rei por parte do parlamento lá no séc. XIII, e de como isso produziu os modernos Estados Democráticos de Direito