Não vejo como encaixar filosofia em um mundo pré-Matrix. Talvez conceitos do que é um ser vivo, consciente e tal. Mas acho que não seria tão interessante comparado ao conceito de Iluminado. Se marcar fazem igual ao Revolutions/Reloaded que tem uma ou duas cenas com um dialogo filosófico bem superficial e que não agrega muito para a história.
Eles vão simplesmente esticar o universo expandido, que já foi apresentado em Animatrix.