CNPJ como Empreendedor Individual

Esses dias estava buscando informações na internet de como tirar um CNPJ, e encontrei o Programa do Micro Empreendedor Indivudual, que tem como vantagem o registro no Cadastro Nacional de Pessoas Jurídicas (CNPJ).
Esse programa ainda é relativamente novo ( Julho de 2009), e tem restrições como faturamente max anual de 36k. Pesquisando sobre ele encontrei pessoas que não se consideram satisfeitas pois as vezes tem problemas em negociar com grandes empresas sendo classificado como Micro empreendedor e falta de agilidade em processos judiciais. Porem ele tem isenções de taxas e reduções na carga tributaria.
Fica ai a pergunta para as pessoas que entendem do assunto aqui no forum, vale mais a pena aderir ao programa ou tirar um cnpj como empresa mesmo?

Quem quiser saber mais sobre o programa do governo esse é o site:

http://www.portaldoempreendedor.gov.br